Müdürlüğümüz Devlet Bakanlığı Makamının 27.06.1995 tarihli Onay'ı ile Habur Kaçakçılık İstihbarat Takibat ve Narkotik Gümrük Muhafaza Müdürlüğü olarak kurulmuş olup, günümüzde İpekyolu Gümrük ve Dış Ticaret Bölge Müdürlüğüne bağlı olarak Habur Gümrük Sahasında Bakanlığımız ile TOBB arasında imzalanan Yap-İşlet-Devret sözleşmesi kapsamında yapılan müstakil hizmet binasında görevini sürdürmektedir. 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 167 inci maddesine dayanılarak çıkartılan 01.06.2005 tarih ve 25982 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan "Adli Kolluk Yönetmeliği" çerçevesinde Bakanlığımız Gümrükler Muhafaza Genel Müdürlüğünün 15.07.2005 tarih ve 5468 sayılı yazılan ile İpekyolu Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlüğü Adli Kolluk Birimi olarak görevlendirilen Müdürlüğümüz, Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlükleri ve bağlantılarının kurulmasına ilişkin 22.12.2011 tarihli ve 28150 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 29.112011 tarihli ve 2011/2474 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Habur Gümrük Muhafaza Kaçakçılık ve İstihbarat Müdürlüğü adım almış olup, 10.07.2018 tarihli 1.Nolu Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 451. Maddesi ile Gümrükler Muhafaza Genel Müdürlüğünce verilen görevleri yerine getirmektedir.

Ticaret Bakanlığı’nın 11.01.2022 tarih ve 31716 sayılı onayı ekinde Müdürlüğümüzün sorumluluk alanı Şırnak ve Siirt ili olarak belirlenmiştir.